一、真菌性叶斑病
芹菜真菌性叶斑病主要有黑斑病、叶斑病、早疫病和斑枯病。这几种叶斑病可根据其主要特征来加以区别。
黑斑病：病斑圆形，中部的稀疏黑霉易开裂破碎。叶斑病：多始于叶尖或叶缘，病斑为半圆形大斑，病斑上密集黑色小粒点。早疫病：可危害叶柄及茎，叶片上病斑中部多呈薄纸状，上长有灰白色霉层。斑枯病：可危害叶片、叶柄及茎，叶片上病斑多，散生，大小不等，呈涤红褐色，病斑上散生有小黑点。
这几种叶斑病都是由真菌引起的，故有一些相同的发病特点：病菌潜伏在种子内或在病残体上越冬，且存活1年以上；病菌借风或雨水飞溅传播，从叶子的气孔或表皮直接侵入；在冷凉和高湿条件下易发生，气温20～25℃、湿度大、连阴雨或昼夜温差大时易发病；缺水、缺肥、灌水过多等造成植株生长不良、抵抗力弱时发病重。
防治方法
1.选用津南实芹、夏芹、冬芹、文图拉、玻璃脆、春丰、天马、上海大芹等抗病品种。
2.采用高畦栽培；开好排水沟，避免畦面积水；采用遮阳网覆盖。
3.从无病植株上采种，种子存放2年后播种。如采用新种，则要进行温汤浸种（在48～49℃温水中浸泡30分钟，边浸边搅拌，之后移入冷水中降温），晾干后播种。
4.清洁田园，施足底肥。选择舒适的播种期，及时间苗，改善株行间通风透光条件。看苗追肥。
5.采用保护地栽培时，要注意降温排湿。白天控制温度在15～20℃，高于20℃时要及时放风；夜间控制温度在10～15℃，并注意缩小日夜温差，减少结露。切忌大水漫灌。
6.采用保护地栽培的芹菜，当苗高3厘米后有可能发病时，每667平方米每次用45%百菌清烟剂200～250克熏烟，或喷撒5%百菌清粉尘剂1千克。采用露地栽培时，可喷36%甲基硫菌灵悬浮剂500倍液，或50%多菌灵可湿性粉剂600倍液、60%防霉宝超微可湿性粉剂800～900倍液、50%苯菌灵可湿性粉剂1500倍液，或30%氧氯化铜悬浮剂800倍液。喷施药剂时，隔7～10天1次，连续2～3次，采收前3天停止用药。
二、灰霉病
灰霉病的防治措施如下。
1.保护地采用变温管理法。即晴天上午晚点放风，使棚温迅速升高；当棚温升至33℃时，再开始放顶风。当棚温降至不低于25℃时，中午继续放风；棚温降至20℃时，关闭通风口。夜间棚温保持在15～17℃。阴天，打开通风口换气。
2.在上午浇水。发病期少浇水。每次浇水后，注意排湿，防止结露。
3.保护地每667平方米施用15%腐霉利烟剂200克，或每100平方米施用特克多烟剂50克，或每667平方米用45%百菌清烟剂250克熏一夜，隔7～8天1次。也可于傍晚喷撒5%百菌清粉尘剂，每667平方米1快，隔9天1次。
4.在露地芹菜发病初期，喷洒50%腐霉利可湿性粉剂1000～1500倍液，45%特克多悬浮剂3000～4000倍液，或60%防霉宝超微粉600倍液。由于灰霉病菌易产生抗药性，应尽量减少用药量和施药次数。必须用药时，要注意轮换或交替及混合施用。如喷洒50%扑海因可湿性粉剂2000倍液加50%甲基硫菌灵可湿性粉剂1000倍液。对上述杀菌剂产生抗药性的地区可改用65%甲霉灵可湿性粉剂1500倍液，或50%多霉灵可湿性粉剂1000～1500倍液，隔半个月喷1次，连续3～4天。采收前3天停止用药。
三、枯萎病
芹菜枯萎病是由一种叫做尖镰孢菌芹菜专用型的真菌引起的。症状表现为：叶片无光泽、黄化或叶脉间叶肉出现黄绿相间斑驳；剖开病茎可见维管束变褐，或根及根颈部变褐腐烂；叶柄变为红色，最后整株枯黄。
该病菌主要留在土壤中越冬。翌年条件适宜时，病菌从芹菜幼嫩细根入侵后，致寄主皮层破裂或腐烂。侵入后，多寄生在根或根颈及叶柄维管束中，由于病菌大量繁殖，以及胶质物的形成，致使营养物质或水分向上运输受阻，从而表现出黄萎症状。该病潜伏期20天左右，土温高、气温28℃左右发病重。防治措施如下。
1.选用抗病枯萎病品种。
2.采用高畦或起垄栽培。雨后及时排水，严禁大水漫灌。
3.选用98%迈隆粒剂，每平方米用60克撒布在畦面上，耙入土中混匀，保持土壤湿润。施药后1星期再松动土壤，使残留药气散失，再等1个星期后播种。
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